Аннотация:
В связи с ростом объемов данных геномики о положении сайтов связывания транскрипционных факторов, хромосомных контактах, аннотации геномных характеристик, полученных с помощью современных технологий секвенирования, растет потребность в разработке нового программного обеспечения для их статистической обработки и анализа. Рассмотрены технологии получения и программы анализа геномных данных секвенирования на основе технологий ChIA-PET и Hi-C. Представлена разработанная компьютерная программа для обработки геномных данных о хромосомных контактах и их функциональной аннотации.
Ключевые слова и фразы:
биоинформатика, секвенирование, суперкомпьютерные вычисления, хромосомные контакты, графический интерфейс, базы данных.
Исследование структурной организации генома поддержано бюджетным проектом ИЦиГ СО РАН 0324-2016-0008 и РФФИ 14-04-01906 (АИД, АГБ, ИВЧ, ВНБ). Разработка программ анализа данных хромосомных контактов ChIA-PET
поддержана РНФ (14-24-00123) (ЕВК, АМС, ЮЛО).
Тип публикации:
Статья
УДК:
57.05; 577.0; 573.22; 004.031.2
Образец цитирования:
Е. В. Кулакова, А. М. Спицина, А. Г. Богомолов, Н. Г. Орлова, А. И. Дергилев, И. В. Чадаева, В. Н. Бабенко, Ю. Л. Орлов, “Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в ядре клетки по данным, полученным по технологиям ChIA-PET и Hi-C”, Программные системы: теория и приложения, 8:1 (2017), 219–242
\RBibitem{KulSpiBog17}
\by Е.~В.~Кулакова, А.~М.~Спицина, А.~Г.~Богомолов, Н.~Г.~Орлова, А.~И.~Дергилев, И.~В.~Чадаева, В.~Н.~Бабенко, Ю.~Л.~Орлов
\paper Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в~ядре клетки по~данным, полученным по~технологиям ChIA-PET и~Hi-C
\jour Программные системы: теория и приложения
\yr 2017
\vol 8
\issue 1
\pages 219--242
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/ps258}
\crossref{https://doi.org/10.25209/2079-3316-2017-8-1-219-242}
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/ps258
https://www.mathnet.ru/rus/ps/v8/i1/p219
Эта публикация цитируется в следующих 3 статьяx:
Yuriy L. Orlov, Nina G. Orlova, “Bioinformatics tools for the sequence complexity estimates”, Biophys Rev, 15:5 (2023), 1367
Arthur I. Dergilev, Nina G. Orlova, Oxana B. Dobrovolskaya, Yuriy L. Orlov, “Statistical estimates of multiple transcription factors binding in the model plant genomes based on ChIP-seq data”, Journal of Integrative Bioinformatics, 19:1 (2022)
А. М. Спицина, А. О. Брагин, А. И. Дергилев, И. В. Чадаева, Н. Н. Твердохлеб, Э. Р. Галиева, Л. Э. Табиханова, Ю. Л. Орлов, “Компьютерные средства анализа транскриптомных данных: программный комплекc ExpGene”, Программные системы: теория и приложения, 8:2 (2017), 45–68
Цитирование в формате AMSBIB
Обратная связь: