Loading [MathJax]/jax/output/SVG/config.js
Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Математическая биология и биоинформатика, 2024, том 19, выпуск 2, страницы 439–452
DOI: https://doi.org/10.61011/OS.2023.09.56601.5353-23
(Mi mbb570)
 

Математическое моделирование

Моделирование динамики заряда в однородных ДНК под действием постоянного электрического поля

Н. С. Фиалко

Институт математических проблем биологии РАН— филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия
Список литературы:
Аннотация: На основе поляронной модели Холстейна рассмотрена задача моделирования блоховских осцилляций квантовой заряженной частицы в цепочке классических сайтов, помещенной в постоянное электрическое поле. Как известно, в жесткой решетке осцилляции Блоха описывают колебания заряда под действием постоянной электрической силы. Биополимеры описываются нежесткой решеткой, движение групп атомов – сайтов решетки – оказывает существенное влияние на динамику заряда. Основное внимание при проведении вычислительного эксперимента уделено параметрам, характерным для однородных полигуаниновых фрагментов ДНК. Исследован случай, когда в начальный момент заряд “возникает” на одном сайте цепочки, помещенной в поле с постоянной напряженностью, и не успевает сформировать полярон. Рассмотрена динамика заряда в невозмущенной цепочке (при температуре, равной нулю). Сделана оценка минимальной длины цепочки, в которой краевые эффекты не влияют на динамику заряда при блоховских колебаниях. Для движения центра масс заряда проведен сравнительный анализ с динамикой полярона, исследованной ранее в работах Коршуновой и Лахно. Проведено моделирование блоховских осцилляций заряда при конечной температуре. Для определения частоты колебаний заряда, кроме визуального контроля, использовалось разложение в ряд Фурье. Показано, что усреднение по реализациям приводит к сглаживанию колебаний, что затрудняет изучение влияния температуры на блоховские осцилляции. По результатам моделирования можно предположить, что для определения температуры, при которой блоховские осцилляции разрушаются, надо более детально исследовать динамику отдельных реализаций.
Ключевые слова: синтетические однородные полинуклеотиды, модель Холстейна, напряженность, термостат Ланжевена, блоховские осцилляции.
Материал поступил в редакцию 14.10.2024, 20.11.2024, опубликован 05.12.2024
Реферативные базы данных:
Тип публикации: Статья
Образец цитирования: Н. С. Фиалко, “Моделирование динамики заряда в однородных ДНК под действием постоянного электрического поля”, Матем. биология и биоинформ., 19:2 (2024), 439–452
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{Fia24}
\by Н.~С.~Фиалко
\paper Моделирование динамики заряда в однородных ДНК под действием постоянного электрического поля
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2024
\vol 19
\issue 2
\pages 439--452
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb570}
\crossref{https://doi.org/10.61011/OS.2023.09.56601.5353-23}
\elib{https://elibrary.ru/item.asp?id=79866479}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb570
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v19/i2/p439
  • Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:23
    PDF полного текста:11
    Список литературы:1
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2025