Аннотация:
Сальмонéллы (Salmonella) – род грамотрицательных, факультативных и неспороносных анаэробных бактерий. Род включает два вида: S. bongori и S. enterica. Все патогенные в отношении человека и животных сальмонеллы относятся к виду S. enterica spp. Он включает в свой состав семь подвидов куда входят более 2500 серотипов. По глобальной статистике они ежегодно вызывают около 2.8 миллиарда случаев диарейных заболеваний, а смертность достигает более 300000 случаев. Особо опасными стали штаммы S. enterica spp, приобретшие множественную лекарственную устойчивость к антибиотикам. На фоне этой глобальной проблемы актуальность приобретает детальное исследование полных геномов различных представителей рода Salmonella. Важную роль в регуляции основных генетических процессов в ходе жизненного цикла и эволюции играют повторы. В работе рассматриваются разнообразные проявления повторности в геномах S. enterica. Учет общих фрагментов разных геномов служит основой для формирования матрицы попарной относительной сложности, использующейся при построении филогенетического дерева. Длинные повторы внутри отдельных геномов, как правило, соответствуют крупным индивидуальным дупликациям. Основное внимание уделено локальным структурным закономерностям, большая часть которых представлена тандемными повторами. Значительный интерес представляют многозначные повторы, такие как тандемные повторы, образующие палиндромы, повторы с регулярными заменами или сложной структурой мономера.
Работа выполнена при поддержке гранта Российского научного фонда (проект № 23-25-00520).
Материал поступил в редакцию 13.12.2023, 19.12.2023, опубликован 30.12.2023
Тип публикации:
Статья
Образец цитирования:
Л. А. Мирошниченко, Н. А. Арефьева, Ю. П. Джиоев, В. Д. Гусев, А. Ю. Борисенко, С. В. Эрдынеев, Ю. С. Букин, “Структура повторов в геномах сальмонелл”, Матем. биология и биоинформ., 18:2 (2023), 602–620
\RBibitem{MirAreDzh23}
\by Л.~А.~Мирошниченко, Н.~А.~Арефьева, Ю.~П.~Джиоев, В.~Д.~Гусев, А.~Ю.~Борисенко, С.~В.~Эрдынеев, Ю.~С.~Букин
\paper Структура повторов в геномах сальмонелл
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2023
\vol 18
\issue 2
\pages 602--620
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb536}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2023.18.602}
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb536
https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v18/i2/p602
Эта публикация цитируется в следующих 2 статьяx:
L.A. Miroshnichenko, V.D. Gusev, Proceedings of the International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, 10, Proceedings of the International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, 2024
Oleg Zverkov, Alexandr Seliverstov, Gregory Shilovsky, “Alignment of a Hidden Palindrome”, Math.Biol.Bioinf., 19:2 (2024), 427
Цитирование в формате AMSBIB
Обратная связь: