Аннотация:
Модифицированная модель Пейярда–Бишопа–Доксуа с нелокальной связью в inter-site потенциале исследована в столкновительном термостате с максвелловским распределением короткоживущих виртуальных частиц по скоростям при температуре 310 K. Обнаружено, что ввод нелокальности в inter-site потенциал существенно снижает константы равновесия для реакции образования пузырьков денатурации и улучшает согласие расчётных данных с экспериментами. Данный эффект особенно выражен для пузырьков крупного размера. Исследованы концевые эффекты в новой версии модели. Показан существенный вклад энтропии и связанная с ним важная роль процессов переноса и локализации механической энергии на концевых участках ДНК.
Работа выполнена при поддержке Российского научного фонда (проект РНФ № 16-11-10163) и Российского фонда фундаментальных исследований (проект РФФИ № 19-07-00406-«а»).
Материал поступил в редакцию 18.06.2020, 17.07.2020, опубликован 26.07.2020
Тип публикации:
Статья
Образец цитирования:
А. С. Шигаев, И. В. Лихачёв, В. Д. Лахно, “Исследование модели ДНК с нелокальной связью в столкновительном термостате”, Матем. биология и биоинформ., 15:2 (2020), 129–137
\RBibitem{ShiLikLak20}
\by А.~С.~Шигаев, И.~В.~Лихачёв, В.~Д.~Лахно
\paper Исследование модели ДНК с нелокальной связью в столкновительном термостате
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2020
\vol 15
\issue 2
\pages 129--137
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb427}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2020.15.129}
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb427
https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v15/i2/p129
Эта публикация цитируется в следующих 1 статьяx:
Aleksandr S. Nikitiuk, Yuriy V. Bayandin, Oleg B. Naimark, “Statistical thermodynamics of DNA with open states”, Physica A: Statistical Mechanics and its Applications, 607 (2022), 128156
Цитирование в формате AMSBIB
Обратная связь: