Аннотация:
На основе спектрально-статистического подхода (2С-подхода) выполнен анализ скрытой периодичности в CDS геномов прокариотических организмов. Показано, что его результаты совпадают с результатами проведённого ранее анализа на скрытую периодичность в CDS геномов эукариотических организмов. Впервые для CDS геномов как низших, так и высших организмов определён тип скрытой триплетной периодичности, гипотеза о существовании которой широко обсуждалась в последние десятилетия. Показано, что CDS геномов характеризуются новым типом скрытой периодичности, названным профильной периодичностью. Для объяснения существования в CDS скрытой (триплетной) профильной периодичности рассматривается стохастическая модель однородной организации кодирования (SHOC-модель) в текстовых строках. Модель объясняет наличие скрытой профильной периодичности и регулярности в последовательностях ДНК. Характерные проявления SHOC-модели демонстрируются в численных экспериментах с бинарно перекодированным литературным текстом.
Работа была выполнена при частичной поддержке гранта № 15-07-05783 Российского фонда фундаментальных исследований.
Материал поступил в редакцию 03.11.2015, 13.01.2016, опубликован 09.03.2016
Тип публикации:
Статья
УДК:
577.2:519.23
Образец цитирования:
В. А. Кутыркин, М. Б. Чалей, “Модель организации кодирования в прокариотических организмах”, Матем. биология и биоинформ., 11:1 (2016), 24–45
\RBibitem{KutCha16}
\by В.~А.~Кутыркин, М.~Б.~Чалей
\paper Модель организации кодирования в прокариотических организмах
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2016
\vol 11
\issue 1
\pages 24--45
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb249}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2016.11.24}
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb249
https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v11/i1/p24
Эта публикация цитируется в следующих 4 статьяx:
Chaley M., Kutyrkin V., “Stochastic Models For Description of Structural-Statistical Properties in Dna Sequences”, J. Theor. Biol., 496 (2020), 110126
М. Б. Чалей, Ж. С. Тюлько, В. А. Кутыркин, “Исследование структуры кодирования ORF1ab, S, M и N генов коронавирусов”, Матем. биология и биоинформ., 15:2 (2020), 441–454
M.B. Chaley, Zh.S. Tyulko, V.A. Kutyrkin, Proceedings of the International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, 7, Proceedings of the International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, 2018
Ж. С. Тюлько, В. А. Кутыркин, М. Б. Чалей, “Структурно-статистические свойства геномов флавивирусов”, Матем. биология и биоинформ., 12:2 (2017), 343–353
Цитирование в формате AMSBIB
Обратная связь: