Аннотация:
Необходимость корректного учета деталей пространственной и функциональной организации клеточных структур требует поиска новых подходов к моделированию субклеточных процессов, в том числе первичных процессов фотосинтеза в тилакоидной мембране. Эти подходы должны интегрировать физические и биологические представления о конкретных механизмах, которые объединяются в общую картину на уровне компьютерной модели. В работе предлагается новый подход к моделированию, в котором воспроизводится трехмерная пространственная структура фотосинтетической мембраны. Разные стадии переноса зарядов при фотосинтезе моделируются с использованием разного математического аппарата и объединяются в единую компьютерную модель. Разработанные алгоритмы реализованы в виде программного комплекса, использующего параллельные вычисления на высокопроизводительных кластерах и графических процессорах.
Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ, гранты No 11-04-01019, No 11-04-01268, No12-07-00783, No12-07-33036
Поступила в редакцию: 18.12.2012 Исправленный вариант: 01.03.2013
Тип публикации:
Статья
УДК:519.8
Образец цитирования:
Д. М. Устинин, И. Б. Коваленко, Г. Ю. Ризниченко, А. Б. Рубин, “Сопряжение различных методов компьютерного моделирования в комплексной модели фотосинтетической мембраны”, Компьютерные исследования и моделирование, 5:1 (2013), 65–81
\RBibitem{UstKovRiz13}
\by Д.~М.~Устинин, И.~Б.~Коваленко, Г.~Ю.~Ризниченко, А.~Б.~Рубин
\paper Сопряжение различных методов компьютерного моделирования в комплексной модели фотосинтетической мембраны
\jour Компьютерные исследования и моделирование
\yr 2013
\vol 5
\issue 1
\pages 65--81
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/crm382}
\crossref{https://doi.org/10.20537/2076-7633-2013-5-1-65-81}
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/crm382
https://www.mathnet.ru/rus/crm/v5/i1/p65
Эта публикация цитируется в следующих 9 статьяx:
Andrei B. Borovkov, Irina N. Gudvilovich, Alexander S. Lelekov, Anna L. Avsiyan, “Effect of specific irradiance on productivity and pigment and protein production of Porphyridium purpureum (Rhodophyta) semi-continuous culture”, Bioresource Technology, 374 (2023), 128771
Galina Yu. Riznichenko, Natalya E. Belyaeva, Ilya B. Kovalenko, Taras K. Antal, Sergei N. Goryachev, Aleksei S. Maslakov, Tatiana Yu. Plyusnina, Vladimir A. Fedorov, Sergei S. Khruschev, Olga V. Yakovleva, Andrew B. Rubin, “Mathematical Simulation of Electron Transport in the Primary Photosynthetic Processes”, Biochemistry Moscow, 87:10 (2022), 1065
А. С. Лелеков, Р. П. Тренкеншу, “Двухкомпонентная модель роста микроводорослей в плотностате”, Матем. биология и биоинформ., 16:1 (2021), 101–114
Galina Riznichenko, Andrew Rubin, Advances in Photosynthesis and Respiration, 47, Photosynthesis: Molecular Approaches to Solar Energy Conversion, 2021, 465
А. А. Яковлев, А. И. Абакумов, А. В. Костюшко, Е. В. Маркелова, “Цитокины как индикаторы состояния организма при инфекционных заболеваниях. Анализ экспериментальных данных”, Компьютерные исследования и моделирование, 12:6 (2020), 1409–1426
Galina Yurjevna Riznichenko, Ilya Kovalenko, “Multiparticle Models of Brownian Dynamics for the Description of Photosynthetic Electron Transfer Involving Protein Mobile Carriers”, International Journal of Applied Research in Bioinformatics, 9:1 (2019), 1
Alexander S. Lelekov, Rudolf P. Trenkenshu, “Modeling of photosynthesis light curves by linear splines”, Hydrosphere Еcology (Экология гидросферы), 2019, № 2(4), 20
Andrew Rubin, Galina Riznichenko, Biological and Medical Physics, Biomedical Engineering, Mathematical Biophysics, 2014, 241
Е. С. Оплачко, Д. М. Устинин, М. Н. Устинин, “Облачные технологии и их применение в задачах вычислительной биологии”, Матем. биология и биоинформ., 8:2 (2013), 449–466
Цитирование в формате AMSBIB
Обратная связь: