Аннотация:
В статье рассматривается подход к анализу информации, представленной словами конечной длины над конечным алфавитом. Предложен метод построения меры символьного разнообразия слов, основанный на пиковых характеристиках функции энтропии сдвигов. Собственно функция энтропии сдвигов формализована на основе оператора сдвига один и понятия энтропии дискретных распределений. Приводятся модельный пример и результаты применения предложенной меры к кластеризации семейств растений на основе анализа геномов их представителей.
Ключевые слова:
энтропия сдвигов, мера символьного разнообразия, кластеризация геномов растений.
Работа выполнена при поддержке гранта РФФИ 15-07-04112А.
Материал поступил в редакцию 05.04.2016, опубликован 25.05.2016
Тип публикации:
Статья
УДК:
51-76: 57.087
Образец цитирования:
Ю. Г. Сметанин, М. В. Ульянов, А. С. Пестова, “Энтропийный подход к построению меры символьного разнообразия слов и его применение к кластеризации геномов растений”, Матем. биология и биоинформ., 11:1 (2016), 114–126
\RBibitem{SmeUlyPes16}
\by Ю.~Г.~Сметанин, М.~В.~Ульянов, А.~С.~Пестова
\paper Энтропийный подход к построению меры символьного разнообразия слов и его применение к кластеризации геномов растений
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2016
\vol 11
\issue 1
\pages 114--126
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb254}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2016.11.114}
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb254
https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v11/i1/p114
Эта публикация цитируется в следующих 3 статьяx:
В. Д. Гусев, Л. А. Мирошниченко, “Сложность ДНК-последовательностей. Различные подходы и определения”, Матем. биология и биоинформ., 15:2 (2020), 313–337
G. N. Zhukova, Yu. G. Smetanin, M. V. Uljanov, “Informative symbolic representations as a way to qualitatively analyze time series”, 2019 International Conference on Engineering Technologies and Computer Science (Ent): Innovation & Application, ed. S. Prokhorov, IEEE, 2019, 43–47
Mikhail V Ulyanov, Yuri G Smetanin, Mikhail M Shulga, Andrei V Eserkepov, Yuri Yu Tarasevich, “Characterisation of diffusion-driven self-organisation of rodlike particles by means of entropy of generalised two-dimensional words”, J. Phys.: Conf. Ser., 1141 (2018), 012137