Аннотация:
Выведены формулы для расчета потенциалов и сил в новом силовом поле невалентных взаимодействий, включающем, наряду с традиционными членами, наведенную парциальными зарядами поляризацию всех атомов и трехчастичные дисперсионные взаимодействия «атом–валентная связь». Соответствующие новые члены добавлены к стандартному силовому полю АМБЕР. Проведены молекулярно-динамические расчеты с использованием обновленного силового поля. Показано, что добавленные, физически разумные члены не сильно замедляют молекулярно-динамическое моделирование, несмотря на то, что они учитывают важнейшие трехчастичные взаимодействия.
Работа выполнена при финансовой поддержке гранта 2835/ГФ3 Министерства образования и науки Республики Казахстан, грантов № 13-04-00253-А и № 14-04-01554-А РФФИ, и грантов № 01201358029 и №01201353567 программы «Молекулярная и клеточная биология» Российской академии наук.
Материал поступил в редакцию 26.10.2015, опубликован 05.11.2015
Тип публикации:
Статья
УДК:
577.1, 577.3, 54.03
Образец цитирования:
Н. К. Балабаев, С. А. Гарбузинский, О. В. Галзитская, А. В. Глякина, Б. Т. Маткаримов, А. В. Финкельштейн, “Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле АМБЕР и применение обновленного поля к молекулярно-динамическим расчетам”, Матем. биология и биоинформ., 10:2 (2015), 427–435
\RBibitem{BalGarGal15}
\by Н.~К.~Балабаев, С.~А.~Гарбузинский, О.~В.~Галзитская, А.~В.~Глякина, Б.~Т.~Маткаримов, А.~В.~Финкельштейн
\paper Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле АМБЕР и применение обновленного поля к~молекулярно-динамическим расчетам
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2015
\vol 10
\issue 2
\pages 427--435
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb236}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2015.10.427}
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb236
https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v10/i2/p427
Эта публикация цитируется в следующих 1 статьяx:
С. А. Гарбузинский, Б. Т. Маткаримов, А. В. Финкельштейн, “Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле AMBER и оптимизация энергетических параметров обновленного поля”, Матем. биология и биоинформ., 10:2 (2015), 580–592
Цитирование в формате AMSBIB
Обратная связь: